Hộ Kinh Doanh Ngành Dược: Kế Toán – Thuế – Hóa Đơn Điện Tử Chuẩn Bị Cho Năm 2026

Trong bối cảnh năm 2026 sắp tới, các hộ kinh doanh (HKD) ngành dược cần đặc biệt quan tâm tới việc tuân thủ thuế – kế toán – hóa đơn điện tử. Ngành dược có những đặc thù riêng về quản lý hàng hóa, hóa đơn chứng từ và thuế, vì vậy việc chuẩn bị kỹ lưỡng sẽ giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý, tránh bị xử phạt và vận hành hiệu quả hơn.

Bài viết này do chuyên gia ACV tổng hợp, nhằm giúp HKD ngành dược lập kế hoạch bài bản cho năm 2026.

1. Khung pháp lý mới áp dụng cho hộ kinh doanh ngành dược

Thông tư 88/2021/TT-BTC: quy định chế độ kế toán cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo phương pháp kê khai.

Thông tư 40/2021/TT-BTC và các văn bản sửa đổi: quy định về quản lý thuế đối với HKD.

Nghị định 123/2020/NĐ-CP & Thông tư 78/2021/TT-BTC: áp dụng hóa đơn điện tử bắt buộc từ 1/7/2022, và từ 2025 trở đi không còn ngoại lệ.

Luật Dược & các văn bản quản lý chuyên ngành: yêu cầu đặc thù về quản lý thuốc, xuất – nhập – tồn kho, hạn dùng, giá kê khai.

2. Những yêu cầu kế toán & thuế dành cho hộ kinh doanh ngành dược

2.1. Kế toán & quản trị sổ sách

Phải ghi chép doanh thu – chi phí – tồn kho thuốc theo mẫu sổ kế toán (TT88).

Quản lý chi tiết theo lô, hạn dùng, số đăng ký thuốc để đáp ứng yêu cầu Bộ Y tế và cơ quan thuế.

Sử dụng phần mềm kế toán tích hợp hóa đơn điện tử để dễ dàng theo dõi.

2.2. Thuế phải nộp

Thuế GTGT: nộp theo phương pháp kê khai (1% đối với hầu hết mặt hàng thuốc).

Thuế TNCN: 0.5% áp dụng cho ngành dược

Thuế khác (nếu có): một số loại dược phẩm đặc thù có thể chịu thuế nhập khẩu hoặc thuế TTĐB.

Cổng thông tin Chính phủ cũng trả lời rõ: doanh thu từ bán thuốc, vật tư y tế áp dụng GTGT 1% + TNCN 0,5% (dịch vụ khám chữa bệnh thì không chịu GTGT và TNCN 2%)

Ví dụ

Nhà thuốc doanh thu quý 1 năm 2025 = 300 triệu →
GTGT = 300.000.000 × 1% = 3.000.000; TNCN = 300.000.000 × 0,5% = 1.500.000. (Áp dụng khi tổng doanh thu năm > 100 triệu.)

2.3. Hóa đơn điện tử

Từ 2025: 100% hóa đơn điện tử – kể cả bán lẻ cho khách hàng.

Với hóa đơn bán lẻ dưới 200k, HKD được phép lập bảng kê cuối ngày nhưng vẫn phải phát hành hóa đơn điện tử khi khách yêu cầu.

Đối với phân phối thuốc cho bệnh viện, phòng khám: bắt buộc lập hóa đơn điện tử ngay khi giao hàng.

3. Các khó khăn đặc thù của HKD ngành dược

Quản lý tồn kho phức tạp

Thuốc đa dạng chủng loại, hạn dùng ngắn.

Cần hệ thống kế toán – phần mềm kho phù hợp.

Áp lực hóa đơn điện tử bán lẻ

Khách hàng cá nhân mua lẻ thường không lấy hóa đơn → HKD dễ bỏ sót nghĩa vụ.

Chi phí tuân thủ cao

Phần mềm hóa đơn, kế toán, lưu trữ dữ liệu.

Nhân sự có kỹ năng chuyên môn để vận hành.

Nguy cơ bị xử phạt

Nếu không xuất hóa đơn điện tử đầy đủ → bị coi là trốn thuế theo NĐ 125/2020.

Sai sót trong kê khai thuế → bị truy thu và phạt 20% – 100% số thuế thiếu.

4. Phương án khắc phục – Giải pháp từ chuyên gia ACV

Ứng dụng phần mềm kế toán & hóa đơn điện tử tích hợp
→ Quản lý đồng bộ tồn kho, doanh thu, công nợ, hóa đơn.

Tư vấn phân loại hàng hóa & thuế suất GTGT đúng quy định
→ Tránh rủi ro kê khai sai nhóm thuốc, sai thuế suất.

Thiết lập quy trình nội bộ
→ Bán lẻ: cuối ngày lập bảng kê & phát hành hóa đơn tổng hợp.
→ Bán buôn: xuất hóa đơn ngay khi giao hàng.

Đào tạo nhân sự & chủ hộ kinh doanh
→ Hiểu rõ TT88, TT40, NĐ123 để vận hành đúng pháp luật.

Tư vấn lập kế hoạch thuế 2026
→ Dự toán doanh thu, chi phí, dòng tiền để chủ động nguồn nộp thuế.
→ Tránh dồn thuế cuối năm gây áp lực vốn.

5. Khuyến nghị cho HKD ngành dược

Chuẩn bị sổ sách kế toán theo TT88 ngay từ 2025 để sang 2026 có dữ liệu đầy đủ.

Đầu tư phần mềm hóa đơn điện tử chuyên ngành dược.

Tham gia các khóa huấn luyện về thuế – kế toán hộ kinh doanh ngành dược do ACV tổ chức.

Định kỳ kiểm toán nội bộ hoặc soát xét số liệu để kịp thời phát hiện sai sót.

✅ Kết luận: Hộ kinh doanh ngành dược bước vào năm 2026 cần coi việc tuân thủ kế toán – thuế – hóa đơn điện tử không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là yếu tố sống còn để phát triển bền vững. Với sự hỗ trợ từ chuyên gia ACV, các hộ kinh doanh có thể yên tâm triển khai hệ thống kế toán – thuế đúng chuẩn, tiết kiệm chi phí, giảm rủi ro và nâng cao uy tín.