Hoàn thuế GTGT 2025: Lối đi nào cho doanh nghiệp trước quy định mới? Phân tích chuyên sâu từ Dự thảo Nghị định.

Hoàn thuế GTGT – Câu chuyện “nghìn lẻ một đêm” của doanh nghiệp

Việc hoàn thuế GTGT luôn là một chủ đề nóng, thu hút sự quan tâm của mọi doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp xuất khẩu, đầu tư. Năm 2025, với việc Luật Thuế GTGT mới và các Nghị định hướng dẫn đi vào hiệu lực, câu chuyện này lại càng trở nên "thách thức" hơn bao giờ hết. Liệu doanh nghiệp có thể “vượt ải” hoàn thuế một cách trọn vẹn? Bài viết này sẽ phân tích các quy định mới nhất, đặc biệt là từ Dự thảo Nghị định xử phạt, và cung cấp những giải pháp thực chiến giúp doanh nghiệp “vững vàng” trên con đường hoàn thuế.

Hoàn thuế GTGT 2025: Luật pháp đã thay đổi ra sao?

Kể từ ngày Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP có hiệu lực, điều kiện hoàn thuế đã được siết chặt hơn. Một trong những quy định đáng chú ý nhất là:

“Tổ chức, cá nhân được hoàn thuế phải bảo đảm hàng hóa, dịch vụ mua vào đã có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, đồng thời người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho tổ chức, cá nhân đề nghị hoàn thuế”.

Nghĩa là, để được hoàn thuế, không chỉ hóa đơn đầu vào của bạn phải hợp lệ, mà bạn còn phải đảm bảo rằng nhà cung cấp của bạn đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế đối với chính những hóa đơn đó. Đối với các doanh nghiệp có hàng trăm, thậm chí hàng nghìn nhà cung cấp mỗi tháng, đây là một thách thức lớn, gần như “bất khả thi” trong việc xác minh. Vậy, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với rủi ro gì? Rủi ro lớn nhất chính là việc hồ sơ hoàn thuế có thể bị từ chối chỉ vì một hay một vài nhà cung cấp chưa hoàn thành nghĩa vụ, dù lỗi không thuộc về bạn.

Điểm “nóng” của Dự thảo Nghị định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn

Để giải quyết vấn đề quản lý, Dự thảo Nghị định Sửa đổi, bổ sung Nghị định số 125/2020/NĐ-CP đã có những thay đổi đáng chú ý. Theo Dự thảo 04 này, các hành vi vi phạm như lập hóa đơn không đúng thời điểm hoặc không lập hóa đơn sẽ không còn bị xử phạt theo mức cố định. Thay vào đó, mức phạt sẽ phụ thuộc vào số lượng hóa đơn vi phạm.

Cụ thể, Dự thảo chia mức phạt thành nhiều khung khác nhau:

• Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng nếu vi phạm với số lượng dưới 10 số hóa đơn.
• Mức phạt có thể lên tới 60.000.000 đồng đến 80.000.000 đồng nếu vi phạm với số lượng từ 100 số hóa đơn trở lên đối với hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.
• Tương tự, hành vi không lập hóa đơn cũng có mức phạt tương ứng.

Tuy nhiên, liệu đây đã là giải pháp tối ưu?

Liệu chính sách phạt có đang “lệch” về phía doanh nghiệp?

Việc áp dụng mức phạt theo số lượng hóa đơn, dù có tính lũy tiến, vẫn chưa thực sự công bằng. Bản chất của hành vi vi phạm hóa đơn nằm ở giá trị kinh tế mà nó gây ra cho ngân sách nhà nước. Lập sai 10 hóa đơn trị giá 10 triệu đồng lẽ ra phải được xử phạt khác với lập sai 10 hóa đơn trị giá 10 tỷ đồng. Nhưng nếu phạt theo số lượng, cả hai doanh nghiệp này có thể bị áp cùng một khung hình phạt, điều này thiếu tính răn đe với vi phạm lớn và quá nặng nề với vi phạm nhỏ.

Tham khảo kinh nghiệm quốc tế, nhiều quốc gia như Singapore, Úc đã áp dụng các mô hình phạt theo giá trị vi phạm, thể hiện sự công bằng hơn. Mức phạt được tính theo tỉ lệ phần trăm của số thuế bị gian lận hoặc thiếu, khuyến khích doanh nghiệp tuân thủ thay vì chỉ chạy theo số lượng giấy tờ. Việt Nam có thể học hỏi mô hình này để chuyển đổi từ định lượng sang tỉ lệ giá trị hóa đơn.

Giải pháp gỡ vướng cho doanh nghiệp: 5 chiến lược thực chiến

Để đối phó với những thay đổi này, doanh nghiệp cần chủ động xây dựng chiến lược cụ thể, không chỉ dựa vào các quy định mà còn phải áp dụng công nghệ và quản trị rủi ro hiệu quả.

Chiến lược 1: Áp dụng công nghệ và tự động hóa:

• Tận dụng các phần mềm kế toán, phần mềm quản trị doanh nghiệp (ERP) có khả năng tích hợp trực tiếp với Cổng thông tin của Tổng cục Thuế. Điều này cho phép bạn kiểm tra tình trạng hóa đơn đầu vào ngay lập tức và theo dõi tình hình nộp thuế của nhà cung cấp.
• Sử dụng hệ thống tra cứu online của Tổng cục Thuế để kiểm tra thông tin nhà cung cấp trước khi ký hợp đồng, nhằm giảm thiểu rủi ro ngay từ đầu.

Chiến lược 2: Rà soát và cập nhật hợp đồng:

• Thêm điều khoản ràng buộc trách nhiệm của bên bán trong hợp đồng, yêu cầu họ phải kê khai và nộp thuế đầy đủ.
• Quy định rõ ràng về quyền của bên mua trong việc yêu cầu bồi thường nếu hồ sơ hoàn thuế bị từ chối do lỗi của bên bán.

Chiến lược 3: Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ chặt chẽ:

• Thiết lập quy trình kiểm tra hóa đơn đầu vào nghiêm ngặt. Yêu cầu bộ phận mua hàng, kế toán phải xác minh tính hợp lệ của hóa đơn, bao gồm cả việc tra cứu trên hệ thống của Tổng cục Thuế.
• Xây dựng hệ thống cảnh báo sớm để phát hiện các hóa đơn có dấu hiệu rủi ro, ví dụ như từ các nhà cung cấp đang nợ thuế hoặc ngừng hoạt động.

Chiến lược 4: Chủ động làm việc với cơ quan thuế:

• Trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp có thể chủ động rà soát và đối chiếu với cơ quan thuế về tình hình tuân thủ của các nhà cung cấp lớn, qua đó giảm thiểu rủi ro bị từ chối hồ sơ.
• Theo dõi các văn bản hướng dẫn mới nhất từ Tổng cục Thuế để kịp thời điều chỉnh quy trình.

Chiến lược 5: Đào tạo và nâng cao năng lực đội ngũ kế toán:

• Trang bị kiến thức chuyên sâu về thuế và các quy định mới cho đội ngũ kế toán, giúp họ có khả năng phát hiện và xử lý sớm các rủi ro.

Kết luận & Kêu gọi hành động

Quy định mới về hoàn thuế GTGT 2025 đặt ra nhiều thách thức nhưng cũng là cơ hội để các doanh nghiệp chuyên nghiệp hóa quy trình quản trị tài chính. Thay vì thụ động chờ đợi, việc chủ động áp dụng công nghệ và xây dựng các chiến lược quản lý rủi ro sẽ giúp doanh nghiệp không chỉ tuân thủ pháp luật mà còn bảo vệ được quyền lợi tài chính của mình.